Этим составом «Аякс» поучаствовал и в своем первом официальном турнире – чемпионате Футбольной Ассоциации Амстердама (ФАА). Стартовали 29 сентября 1900 года поединком против клуба «DOSB» - 2:1, отличились Хертел и Гейслер. Затем сыграли с «Вольхардингом» (2:3, 3:2), ещё раз с «DOSB» (5:0) и взяли реванш у «Амстердам ФК» (3:1, 7:0). В итоге заняли второе место, уступив «Вольхардингу» по разнице мячей при равенстве очков. 8 апреля 1901 года «Аякс» впервые отправился в Харлем, где разгромили сборную, составленную из ведущих команд Голландии (4:1). А затем сыграли десять матчей в городском турнире ФАА, заняв второе место. В этих поединках дебютировали вратарь Хенк Схютте (1901-1907, 1910-1912, 42), защитники Х.Л.Бюэйс (1901-1904, 1905-1907. 8/1), Ян Оудхёсден (1901-1902, 1905-1908, 8/3), нападающие Ян Кирстенс (1901-1903), А.Ван Форст Ван Бест (1901-1904). Через год команду пополнили защитник Виллем Ламп (1902-1905, 15), полузащитники Йохан Тиммер (1902-1904, 6/1), Вейнанд Лангерар (1902-1904, 3/1), нападающие Георга Графа (1902-1903, 6/5) и Пит Ван Ос (1902-1903, 3/2).
В 1902 году клуб стал членом Королевского Футбольного Союза Нидерландов (KNVB). И сыграли сразу в трех турнирах. В столице участвовали в чемпионате, и кубке («Золотой Крест»), где в финале, 17 мая 1903 уступили «РАП» - 1:4 (Дейкстра). А ещё прошли все этапы первенства страны III Дивизиона. В группе «Запад А» финишировали первыми (5 побед, 3 ничьи, мячи 23:9). Затем выиграли финал третьей лиги, одолев «Леонидас» - 2:2 (Ван Ос, Тиммер), 3:1 (Дейкстра, Граф-2). И прошли стыковые поединки против «Стид Форвартс» - 3:1, 3:2, после которых «Аякс» перебрался в Дивизион-II, где выступал 8 лет (1903-1911).
В сезоне 1903/1904 в группе «Запад А» заняли четвертое место и вновь уступили в финале «Золотого Кубка» (23 марта 1904), на сей раз «Волхардингу» - 2:3 (Ван дер Лан, а/г). Через год (1904/1905) опять четвертые в чемпионате группы «Запад В», проигрыш в 1/4 «ЗК» команде «Свифт» (1:3) и первая игра в Кубке Нидерландов. 6 ноября 1904 года уступили «Сатунус» из Роттердама (1:2). Первый трофей был завоеван 20 мая 1906 года, когда в финале столичного турнира «Золотой Крест» обыграли «Амстердам ФК» - 4:3. Вот имена победителей – вратарь Схютте, защитники Питер Брет (1905-1907, 4), Бюэйс, полузащитники Кес Фол (1904-1907, 10/1), Холст, Лу Ван дер Флит (1904-1908, 13), нападающие Ягер Ван ден Берг (1905 - 1908, 1913 – 1914, 15/7), Ф.Макилсе (1904-1906), Франс Схуварт (1904-1918, 1921-1923, 116/9), Йессе Оли (1905-1907, 6/4), Хенк де Рос (1905-1907). По голу на счету Оли и Ван ден Берга, дважды забил Ф.Схуварт. В этом поединке он действовал на позиции центрфорварда, а в историю клуба вошел как защитник и VI президент (1925-1932). В сезоне 1906/1907 не выиграли ничего (пятые в группе чемпионата, уступили в 1/4 «ЗК» амстердамскому клубу «VVV» (3:6) и в первом раунде кубка страны «HBS» из Харлема (0:6). Летом «Аякс» перебрался южную часть Амстердама и разместился на арене «Хет Хутен» (1907-1934). Три следующих года играли в финалах «Золотого Креста». 24 мая 1908 уступили «АФФ Холланд» (1:3). После чего провели президент Стемпель сумел убедить «голландских» соседей, что «вместе - лучше». В результате слияния «Аякс» получил в состав целую группу футболистов. Это голкипер был Ян Пелсер-I (1908-1909, 8), защитник Дирк Тамминга (1908-1909, 6), полузащитники Адриан Пелсер-II (1908-1914, 1916-1917, 68/7), Лен Филлет (1908-1911, 11/3), нападающие Хенрик Ван Остен (1908-1909, 3/1), Ф.Ван Лёварден (1908-1910, 10/5), Пит Ван ден Бруке (1908-1913, 53/21), Виллем Лейббранд (1908-1909, 7/1) и Луис Сейлхувер (1908-1913, 47/22). Помимо них в основе появились защитник Карел Ван дер Ли (1908-1913, 56), форварды Полманн (1908-1909), Крис Каммейер (1907-1913, 47/14) и полузащитник Геральд Фортгенс (1907-1914, 107/5), ставший позже первым из «Аякса» в составе сборной Голландии (8 поединков в 1911-1912) и участником ОИ-1912.
16 мая 1909 «Аякс» снова играл в финале «Золотого Креста» против клуба «Блау Вит» - 1:0. Поединок вошел в историю, поскольку длился 165 минут. Единственный гол забил А.Пелсер – представитель целой династии. Его старший брат Ян (вратарь) к тому времени уже работал в администрации клуба, а два младших брата вскоре стали выступать в средней линии команды: Йоп (Йозеф) Пелсер-III (1911-1924, 315/14) и Фонс (Альфонсо) Пелсер-IV (1910-1911, 1913-1926, 294/23).
В марте 1910 года, в рамках празднования 10-летия клуба, «Аякс» провёл товарищеские матчи с английскими командами. Сначала встретились с «Вудфорд Альбион» - 0:1, затем сыграли вничью 1:1 с клубом «Раундэй», а потом и с «Университет Манчестера» - 0:0. 29 мая выиграли свой третий «Золотой Крест», обыграв в финале «Амстердам ФК» - 2:1 (Ван ден Бруке, Сейлхувер). Среди новичков, сыгравших в финале - голкипер Ян Ван Додеверд (1909-1911, 11), «вингер» Андре Ферворн (1909-1910) и полузащитник Ян Схуварт (1909-1914, 80/5) – младший брат Франса. Но главной целью для клуба было попадание в первый футбольный дивизион страны. Для этого президент Х.Даде принял решение нанять профессионального тренера, им стал ирландец Джон Кирвэн (1910-1915), который поиграл за «Эвертон», «Тоттенхэм» и «Челси». Под его руководством в сезоне 1910/1911 заняли I место в группе «Запад В», опередилb в финальных баталиях Дивизиона-II клуб «Конкордия» - 3:0 (А.Пелсер, Ван ден Бруке, Я.Схуварт), 2:0 (Коэй-2). А затем выиграли переходный турнир, где «Аякс» обошел команды «Херкулес» из Утрехта - 1:2 (Ван ден Бруке), 3:0 (Коэй, Сейлхувер, А.Пелсер), «т’Зесде» - 3:1 (А.Пелсер, Сейлхувер, Ван ден Бруке), 0:0. Так клуб впервые пробился первый дивизион голландского чемпионата.